员工是否会被处罚要根据公司违法经营的具体情况和员工的参与程度和过错判断。公司的违法经营如果可以构成非法经营罪，员工是直接责任人员的可能会受到处罚甚至被判定犯罪。但员工有证据证明自己不知道公司是违法经营，没有参与到违法活动中，不会被处罚。根据刑法第225条的规定，犯非法经营罪的，处5年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处违法所得1倍以上5倍以下罚金；情节特别严重的，处5年以上有期徒刑，并处违法所得1倍以上5倍以下罚金或者没收财产。根据刑法第231条的规定，单位犯非法经营罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员按照上述法定刑判处刑罚。本罪在主观上要求行为人必须是出于故意，对于因不知其为非法而进行非法经营的，不认为构成本罪，而只能给予行为人以行政处罚。

一、非法经营药品罪一般判几年

经营药品业务需要取得专门的经营资质，否则的话就是属于非法经营罪。非法经营罪是指的违反国家规定，非法经营，扰乱市场秩序，情节严重的行为。非法经营罪主要包括4种行为方式。非法经营罪的基本刑是处5年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处违法所得一倍以上5倍以下罚金。一般来说，违法经营数额在十万元以上，或者违法所得数额在五万元以上的，应当认定为情节严重。情节特别严重的，处5年以上有期徒刑，并处违法所得一倍以上5倍以下罚金，或者没收财产。

二、非法经营罪会怎么判刑

根据犯罪情节来判刑。自然人犯非法经营罪，情节严重的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处违法所得一倍以上五倍以下罚金;情节特别严重的，处五年以上有期徒刑，并处违法所得一倍以上五倍以下罚金或者没收财产。单位犯非法经营罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依照以上的规定处罚。