一、加班费扣税计算方法

加班费扣税计算方法：应纳税额=应纳税所得额×适用税率-速算扣除数。目前，个人所得税的起征点为5000元。全月应纳税所得额=（应发工资-五险一金）-5000。

《个人所得税法》第二条

下列各项个人所得，应当缴纳个人所得税：

（一）工资、薪金所得；

（二）劳务报酬所得；

（三）稿酬所得；

（四）特许权使用费所得；

（五）经营所得；

（六）利息、股息、红利所得；

（七）财产租赁所得；

（八）财产转让所得；

（九）偶然所得。

二、公司加班费不给怎么办

公司不给加班费可根据《劳动争议调解仲裁法》第四条的规定处理，发生劳动争议，劳动者可以与用人单位协商，也可以请工会或者第三方共同与用人单位协商，达成和解协议。

根据《劳动争议调解仲裁法》第五条规定，发生劳动争议，当事人不愿协商、协商不成或者达成和解协议后不履行的，可以向调解组织申请调解；不愿调解、调解不成或者达成调解协议后不履行的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对仲裁裁决不服的，除本法另有规定的外，可以向人民法院提起诉讼。

三、加班费按最低工资合法吗？