根据《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》第一条规定：“关于土地增值税清算时收入确认的问题：土地增值税清算时，已全额开具商品房销售发票的，按照发票所载金额确认收入；未开具发票或未全额开具发票的，以交易双方签订的销售合同所载的售房金额及其他收益确认收入。销售合同所载商品房面积与有关部门实际测量面积不一致，在清算前已发生补、退房款的，应在计算土地增值税时予以调整。”

根据《土地增值税暂行条例》第八条“有下列情形之一的，免征土地增值税：

(一)纳税人建造普通标准住宅出售，增值额未超过扣除项目金额20%的，免征土地增值税；增值额超过扣除项目金额20%的，应就其全部增值额按规定计税。

所以应该区分普通住宅、非普通住宅和商铺的销售收入。

第二步：取得土地使用权所支付金额的分配

土地成本按“占地面积法”分摊：某期项目应分摊的土地成本扣除项目金额＝土地成本扣除项目总金额×某期项目占地面积/各期总占地面积

分配绿化占地面积=某期建筑占地面积比例×道路及绿化面积

某期建筑占地面积比例=某期建筑占地面积/总建筑占地面积

分配后的某期占地面积=某期建筑占地面积+分配的绿化道路占地面积

第三步：房地产开发成本的分配。