分居的夫妻可以按照以下方式办理离婚手续：

1、如果是协议离婚的，双方签订书面离婚协议后，到婚姻登记机关办理离婚登记；

2、如果是诉讼离婚的，直接向人民法院提起诉讼，被判决准予离婚的，判决生效，解除婚姻关系。

一、分居两年多了可以单方解除婚姻关系吗？

分居了两年不可以单方解除婚姻关系。解除婚姻关系只有协议离婚和诉讼离婚两种方式，协议离婚的不受分居期限的限制，诉讼离婚的，因感情不和分居满二年，调解无效的，会判决离婚。

《民法典》第一千零七十六条第一款规定，夫妻双方自愿离婚的，应当签订书面离婚协议，并亲自到婚姻登记机关申请离婚登记。

第一千零七十九条第一、二款、第三款第四项规定，夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。

人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。

因感情不和分居满二年，调解无效的，应当准予离婚。

二、老公有小三怀孕期间怎么处理

老公出轨小三怀孕应作以下处理：

1、当事人可以提出离婚；

2、协议离婚的，双方签订书面离婚协议后，到婚姻登记机关办理离婚登记；

3、诉讼离婚的，直接向人民法院提起诉讼，被判决准予离婚的，判决生效，解除婚姻关系。

三、分居后多久才可以自动解除婚姻关系

分居，多指保留夫妻关系而不共同生活。婚姻关系只能通过离婚登记或者法院判决或调解的方式解除。分居，不管时间多长，都不能自动解除婚姻关系。但是，夫妻因感情不和分居满二年，则构成夫妻感情确已破裂，在诉讼中，如果调解不成，应当判决准予离婚。但是非因感情不和而分居的，不能适用。所以，在我国，解除婚姻关系只有两种途径，一是到婚姻登记管理机关协议办理，二是向人民法院提起诉讼离婚，目前，我国法律不承认分居多年就可以自动解除婚姻关系。