首先，根据《企业债务重组业务所得税处理办法》第二条、第三条、第四条、第六条以及财政部《关于印发的通知》的有关规定，债务人以非现金资产进行清偿债务的事项，应该属于“债务重组”的范围;债务人以非现金资产清偿债务，除企业改组或者清算另有规定外，应当分解为按公允价值转让非现金资产，再以与非现金资产公允价值相当的金额偿还债务两项经济业务进行所得税处理，债务人应当确认有关资产的转让所得;债务重组业务中债权人对债务人的让步，包括以低于债务计税成本的现金、非现金资产偿还债务等，债务人应当将重组债务的计税成本与支付的现金金额或者非现金资产的公允价值的差额，确认为债务重组所得，计入企业当期的应纳税所得额中。

因此，你公司与上海某公司经协商用你们的自产产品—印花布清偿债务的债务重组业务，在增值税的计算方面，你们应当以32′全棉印花布的正常销售价即公允价值4.5元/码来确定产品销售额的实现，以此作为增值税的计税依据，而不应该以848万元为含税价来计算缴纳增值税，因为其中有216.2万元属于债务重组所得。所以，校务机关要求补缴增值税是没有道理的。

而在企业所得税的计算方面，你公司将32′全棉印花布的转让所得60万元并入企业利润，缴纳企业所得税是正确的。但你们将216.2万元债务重组所得并入“资本公积—其他资本公积”而不核增应纳税所得额则是违背《企业债务重组业务所得税处理办法》第四条和第六条的规定的。你们应该将216.2万元作为债务重组所得，并入应纳税所得额缴纳企业所得税;同时，由于税务机关要求补缴的增值税也是没有道理的。所以，也就不需要再核减这部分本不该补缴的增值税来核增你公司的应纳税所得额，而应该直接核增应纳税所得额216.2万元。