如果用人单位在公司章程中规定，劳动者迟到三次是属于严重违反公司制度的，迟到三次解除劳动合同是合法的。

一、但是迟到是否可以成为被辞退的原因？

一两次迟到不能成为辞退员工的合法理由，但是如果迟到次数很多，公司又规定迟到很多次属于严重违纪，辞退有可能被认为合法。如果公司的规章制度对迟到早退有规定，并明确某一时间段内迟到早退多久多少次是严重违反公司规章制度的行为，且在员工早已知晓的情况下，是可以辞退的。

二、迟到扣款违法吗

违法，迟到扣款是不合理的。相关法律规定没有授权雇主惩罚工人迟到。因此无论劳动者有什么违规行为，用人单位都无权作出罚款决定，更无权扣减工资。另外如果劳动者经常迟到，可视为严重违反劳动合同，用人单位可以解除劳动合同。我国的《企业职工奖惩条例》早已废除了企业拥有的罚款权。用人单位不能再按规定在规章制度中设置罚款条款。

三、迟到扣钱是否合法

迟到扣钱不合法。

对于迟到的员工进行扣除相应的工资是不符合法律规定的。但在员工无正当理由迟到，因为迟到导致用人单位经济损失的，用人单位就可以对员工的工资进行惩罚性的扣除，除此之外，劳动者还应当赔偿损失，用人单位也可以与劳动者解除劳动合同。

具体扣工资违法的情况有以下几种：

1、上班迟到是很多人都会经历过的事，在许多用人单位的规章制度中都有对员工迟到罚款的一条。这里要说明的是，尽管用人单位没有法定的罚款权，但法律是公平公正的，维护劳动者的合法权益同时，对用人的单位的合法权益也是如此。劳动者如存在肆意迟到等行为应属于违反劳动纪律，企业和雇主维护自身合法权益制定，合乎情理的考勤扣款是被允许的，而一些用人单位超出员工正常日薪的罚款肯定是不合法的；

2、一般来说，许多公司都会给员工每个月几天自由选择放假的时间作为福利，但存在一些用人单位为避免员工请假，规定请假期间扣除员工正常工资以上甚至三倍的工资，这样的规定明显是违法的；

3、根据相关劳动法条例，怀孕女职工在劳动时间内进行产前检查，检查期间的工时应按出勤对待，不能按病假、事假、旷工处理。如果用人单位因女职工请假去产前检查而罚款，那么就属于违法行为；

4、一些单位借公益募捐活动名义，扣除员工工资进行捐款。要注意用人单位这样的行为也是违法的，公益捐款应由职工自行决定，任何用人单位都不得强行扣除职工的工资。所以，但凡是有强迫性质的要求捐款都是违法行为，员工有权利拒绝；

5、一些用人单位为避免员工辞职，而故意拖欠和克扣员工工资的行为属于违法；

6、工资是用人单位使用劳动者的劳动力所必须支付的报酬。换句话说，用人单位即使经营亏损甚至破产，也必须支付劳动者的工资。所以，用人单位以员工未达标克扣工资也是违法的；

7、劳动者因个人工作失职等造成公司损失的，公司可根据经济损失的具体数额，月扣除劳动者部分工资，但不得超过劳动者当月工资的百分之二十。