依据行政诉讼法的规定，行政案件是由行政机关承担举证责任的，如果作出行政决定的行政机关不能举证行政行为是合法的，法院会撤销行政机关作出的行政行为。

相关法律规定

《中华人民共和国行政诉讼法》

第三十四条被告对作出的行政行为负有举证责任，应当提供作出该行政行为的证据和所依据的规范性文件。

被告不提供或者无正当理由逾期提供证据，视为没有相应证据。但是，被诉行政行为涉及第三人合法权益，第三人提供证据的除外。

第七十条行政行为有下列情形之一的，人民法院判决撤销或者部分撤销，并可以判决被告重新作出行政行为：

(一)主要证据不足的;

(二)适用法律、法规错误的;

(三)违反法定程序的;

(四)超越职权的;

(五)滥用职权的;

(六)明显不当的。