本案争议的焦点很简单，即第三名女员工的劳动合同在任何情况下都可以终止

首先，员工提出解除劳动合同的请求。只要履行了30天书面通知的义务，终止劳动合同的法律效力将在期限届满时产生，无论用人单位是否批准

其次，《劳动合同法》第42条明确限制用人单位终止劳动合同，也就是说，如果雇员怀孕、分娩或哺乳，雇主不能以非过错理由终止劳动合同。同时，这些员工不能因为经济裁员而被解雇。《劳动合同法》第45条还规定，劳动合同期满，有本法第42条规定情形之一的，劳动合同应当延长至相应情形消失为止，除《劳动合同法》第四十条规定的非过失终止和第四十一条规定的经济解雇外，劳动合同的终止还包括第三十六条规定的用人单位与劳动者协商解除合同、第三十七条规定的劳动者单方辞职、，以及第39条中由于雇员的过错而由雇主单方面终止合同的情况，上述第42条的规定不包括这三类情况。因此，如果员工与雇主协商终止雇佣关系，员工单方面辞职，或者员工在试用期内被证明不符合雇佣条件；严重违反发包人的规章制度的；严重失职渎职，给用人单位造成重大损失的；同时，与其他用人单位建立劳动关系，严重影响本单位完成工作任务，或者经用人单位提出后拒不改正的；劳动合同因特定原因无效的；并被依法追究刑事责任，即使员工怀孕、分娩、哺乳，双方的劳动合同仍可以依法终止

在这种情况下，余女士因个人原因辞去公司职务，但公司没有主动处理她的劳动关系。因此，即使她在合同期内发现自己怀孕，在余女士申请辞职后30天内，劳动合同可以自然终止，公司可以拒绝余女士的复工要求