员工旷工三天，单位是可以以此辞退员工的，并且单位可以扣除员工部分奖励性待遇作为处罚，但是不得克扣员工工资。根据《劳动法》规定单位不得随意克扣员工工资。员工可以向劳动监察大队投诉或者申请劳动仲裁进行维权。《劳动法》第五十条工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。依据《劳动合同法》第三十九条劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同：（一）在试用期间被证明不符合录用条件的；（二）严重违反用人单位的规章制度的；（三）严重失职，营私舞弊，给用人单位造成重大损害的；（四）劳动者同时与其他用人单位建立劳动关系，对完成本单位的工作任务造成严重影响，或者经用人单位提出，拒不改正的；（五）因本法第二十六条第一款第一项规定的情形致使劳动合同无效的；（六）被依法追究刑事责任的。《工资支付暂行条例》第九条劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。第十八条各级劳动行政部门有权监察用人单位工资支付的情况。用人单位有下列侵害劳动者合法权益行为的，由劳动行政部门责令其支付劳动者工资和经济补偿，并可责令其支付赔偿金：（一）克扣或者无故拖欠劳动者工资的；（二）拒不支付劳动者延长工作时间工资的；（三）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的。经济补偿和赔偿金的标准，按国家有关规定执行。第十九条劳动者与用人单位因工资支付发生劳动争议的，当事人可依法向劳动争议仲裁机关申请仲裁。对仲裁裁决不服的，可以向人民法院提起诉讼。
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员工自动离职，企业应该做的是： 1、首先企业应给员工发送《限期返岗通知书》，限定日期返回工作岗位； 2、若员工未按要求返岗，开始计算员工旷工天数，达到可以解除劳动合同的天数（天数视自己企业的规章制度规定确定，一般连续旷工3天以上）后给员工发送《解除劳动合同通知书》，可以先选择人为送达的方式送到家里，如果没有人，再用EMS送，如果员工签收了，那么程序结束，如果没有签收还要走60天报纸公告程序。以上各种方式要留存未送达的凭据。
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