劳动者在上班期间生病，而且申请病假，但超过法定医疗期的，那么单位会解除劳动合同，而且支付劳动者经济补偿。法律依据：《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》第三条：企业职工因患病或非因工负伤，需要停止工作医疗时，根据本人实际参加工作年限和在本单位工作年限，给予三个月到二十四个月的医疗期：（一）实际工作年限十年以下的，在本单位工作年限五年以下的为三个月；五年以上的为六个月。（二）实际工作年限十年以上的，在本单位工作年限五年以下的为六个月；五年以上十年以下的九个月；十年以上十五年以下的为十二个月；十五年以上二十年以下的为十八个月；二十年以上的为二十四个月。第四条：医疗期三个月的按六个月内累计病休时间计算；六个月的按十二个月内累计病休时间计算；九个月的按十五个月内累计病休时间计算；十二个月的按十八个月累计病休时间计算；十八个月的按二十四个月内累计病时间计算；二十四个月的按三十个月内累计病休时间计算。第八条：医疗期满尚未痊愈者，被解除劳动合同的经济补偿问题按照有关规定执行。
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员工因病不能上班时，公司不能马上解除劳动合同，按照法律中的规定需要给予生病员工一定时间的医疗期，但最长不得超过24个月。 而在医疗期届满之后，员工仍旧无法到公司正常上班的话，则此时允许公司解除劳动合同，但同时需要支付补偿金。
用人单位不能以员工不能胜任工作为由直接解除劳动合同。根据法律规定，如果员工不能胜任工作，经过培训或者调整工作岗位，仍不能胜任工作，用人单位可以提前三十天以书面形式通知解除劳动合同或者额外支付劳动者一个月工资。
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