员工擅自离职怎么处理，劳动者擅自离职是指其未向用人单位提出口头或书面辞职报告，而随意离开所在单位及其所担任的工作职务或岗位的违法违约行为。因此，用人单位应当在教育劳动者自觉守法、守约的同时还应依据《劳动合同法》第4条和第39条第2项的规定制定好内部规章制度，对劳动者擅自离职的行为作出限制性和处罚性的规定。这种违法的行为往往会给用人单位造成经济损失，因此用人单位还应依据《劳动合同法》第17条第2款和第90条的规定，在劳动合同中与劳动者约定针对擅自离职行为的损失赔偿条款，能计算出损失额的，可要求其按实际损失额赔偿，无法计算损失额的，可约定一个具体的索赔数额。还可依据该法第91条的规定，要求招用该擅自离职、尚未与本单位结束劳动关系的劳动者的用人单位承担连带赔偿责任。
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员工擅自离职不合法，但用人单位有下列情形之一的，劳动者单方面解除劳动合同合法：用人单位的规章制度违反法律、法规的规定，损害劳动者权益的；未及时足额支付劳动报酬的；未按照劳动合同约定提供劳动保护或者劳动条件的；其他。
员工擅自离职属于严重违反用人单位规章制度的，用人单位可以单方面解除劳动合同，在解除劳动合同时一次性付清劳动者工资，不扣除工资。但劳动者擅自离职造成用人单位损失的，依然要承担赔偿责任。
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