视具体情况而定：1、劳动者提供合法的病假条，然后又旷工两天，那么不算自离；因为劳动合同法规定，劳动者严重违法公司规章制度的，用人单位可以解除劳动关系，而旷工两天还达不到严重违法公司规章制度的程度，一般短时间内旷工3天，或者连续旷工3天视为严重违法公司规章制度，可以被开除，也视为劳动者自动离职。2、劳动者提供虚假的病假条，将直接被视为旷工，再加上劳动者主动旷工2天，连续3天旷工已经严重违法公司规章制度，视为劳动者自动离职或者可以被用人单位解除劳动关系。根据《劳动合同法》第三十九条劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同：(一)在试用期间被证明不符合录用条件的;(二)严重违反用人单位的规章制度的;(三)严重失职，营私舞弊，给用人单位造成重大损害的;(四)劳动者同时与其他用人单位建立劳动关系，对完成本单位的工作任务造成严重影响，或者经用人单位提出，拒不改正的;(五)因本法第二十六条第一款第一项规定的情形致使劳动合同无效的;(六)被依法追究刑事责任的。根据《劳动法病假工资规定》第九条凡弄虚作假，开假证明病休的，一经查实，按旷工处理。
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在某些情况下，公司可能会单方面终止与员工的劳动合同关系。用人单位可以解除劳动合同的情况：在试用期内被证明不符合录用条件的；严重违反劳动纪律或者用人单位规章制度的；严重失职、营私舞弊，给用人单位利益造成重大损害的；依法追究刑事责任。
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