一、在公司上班得了肺炎怎么办

依据我国相关法律的规定，在公司上班得了肺炎的，如果是传染病的，应该进行隔离治疗，公司其他人也要隔离，并且进行消毒处理，患病员工的工资待遇应该正常发放。

《中华人民共和国传染病防治法》

第四十一条对已经发生甲类传染病病例的场所或者该场所内的特定区域的人员，所在地的县级以上地方人民政府可以实施隔离措施，并同时向上一级人民政府报告;接到报告的上级人民政府应当即时作出是否批准的决定。上级人民政府作出不予批准决定的，实施隔离措施的人民政府应当立即解除隔离措施。

在隔离期间，实施隔离措施的人民政府应当对被隔离人员提供生活保障;被隔离人员有工作单位的，所在单位不得停止支付其隔离期间的工作报酬。

隔离措施的解除，由原决定机关决定并宣布。

二、员工在职期间患病公司该如何处理

(1)及时向卫生行政部门报告职业病病人

用人单位应建立职业病报告制度，责任到位，有人负责，当发现有职业病病人时，按照规定的时限和程序向卫生行政部门报告，不得虚报、漏报、拒报、迟报、伪造和篡改。

(2)向所在地劳动保障部门报告

用人单位出现职业病病人时，除按照规定的时限和程序向卫生行政部门报告外，同时还应向所在地劳动保障部门报告。

(3)积极安排劳动者进行职业病诊断和鉴定

如果员工在工作过程中感到不适，又排除其他疾病的，经员工申请，用人单位应安排员工的职业病诊断，对职业病诊断结果有异议的可申请职业病诊断鉴定。为了保证受到职业病危害的劳动者享有充分的权利，职业病诊断、鉴定费用由用人单位承担。