根据实际的情况来确定，公司将员工辞退，很多时候要支付经济赔偿金，如果超过当地职工平均工资三倍，则应当缴纳个税，公司支付之前扣税。赔偿金在三倍工资之内的，不用缴纳个税。公司辞退员工，在办理解除劳动关系的时候，就应当一并支付经济赔偿。

个人因与用人单位解除劳动关系而取得的一次性补偿收入(包括用人单位发放的经济补偿金、生活补助费和其他补助费用)，其收入在当地上年职工平均工资3倍数额以内的部分，免征个人所得税；超过的部分按照《国家税务总局关于个人因解除劳动合同取得经济补偿金征收个人所得税问题的通知》的有关规定，计算征收个人所得税。

对经劳动合同当事人协商一致，由用人单位解除劳动合同的；劳动者不能胜任工作，经过培训或调换工作岗位后仍不能胜任，由用人单位解除合同的，用人单位应按其在本单位工作年限，工作时间每满一年，发给相当于一个月工资的经济补偿金。若劳动者工资高于社平三倍的，则最多付给12个月的经济补偿金。经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。

一、公司支付经济补偿金按照什么基数计算？

经济补偿的月工资按照劳动者应得工资计算，包括计时工资或者计件工资以及奖金、津贴和补贴等货币性收入。劳动者在劳动合同解除或者终止前12个月的平均工资低于当地最低工资标准的，按照当地最低工资标准计算。劳动者工作不满12个月的，按照实际工作的月数计算平均工资。故应当是应发工资。

劳动者的以下劳动收入不列入经济补偿金基数的范围：

1、劳动保护费用，如工作服、解毒剂、清凉饮料费用等；

2、按规定未列入工资总额的各种劳动报酬及其他劳动收入，如创造发明奖、国家星火奖、自然科学奖、科学技术进步奖、合理化建议和技术改进奖、中华技能大奖等，以及稿费、讲课费、翻译费等。

公司没有正当理由将员工辞退的，需要支付经济赔偿金。如果拿到的赔偿金数额较大，超过当地职工平均工资的三倍的，应当缴纳个税。用赔偿金扣去个税的起征点，余下的部分按照适用税率计算应纳税额。公司都会在发放之前扣税。