根据《国家税务总局关于印发增值税一般纳税人纳税辅导期管理办法>的通知》(国税发〔2010〕40号)第十二条规定：“主管税务机关定期接收交叉稽核比对结果，通过《稽核结果导出工具》导出发票明细数据及《稽核结果通知书》并告知辅导期纳税人。

辅导期纳税人根据交叉稽核比对结果相符的增值税抵扣凭证本期数据申报抵扣进项税额，未收到交叉稽核比对结果的增值税抵扣凭证留待下期抵扣。“

因此，要以稽核结果通知书为准，可以进项抵扣。

一、一般纳税人辅导期应该注意哪些问题？

1、一般纳税人的辅导期一般为6个月，到期后纳税人应主动向主管税务机关提交转为正式一般纳税人的申请。应在辅导期最后一个月完成申报后，向大厅综合受理窗口提出申请。

2、专用发票的领购数量。一般纳税人辅导期内每次增值税防伪税控专用发票的领购量最多不得超过25份，发票不够增加数量的应先依据上一次领购并开具的正数专用发票上注明的销售额按4%征收率计算，向主管税务机关预缴税款。此预缴税款在次月申报时一定要填写在申报表主表的28栏“分次预缴税款”中，否则当月和以后月份，将无法使用此预缴来抵缴税款。

3、专用发票的填开限额。辅导期一般纳税人每张专用发票最高开票限额原则上不得超过一万元。

4、进项税额的抵扣。在辅导期内，商贸企业取得的专用发票抵扣联、海关进口增值税专用缴款书、废旧物资发票以及货物运输发票要在交叉稽核比对无误后，方可予以抵扣，未收到主管税务机关稽核比对结果通知书及其明细清单的不准许抵扣。