(一)法律适用缺乏系统性指引

扣押船舶包括保全扣押船舶与执行中扣押船舶两种。保全扣押船舶属于海事请求保全，是诉前、诉讼中的财产保全，在《海事诉讼特别程序法》有关海事请求保全一章中，有详尽的规定。而执行中扣押船舶，具有与保全扣押船舶不同的特点，却没有专门的立法规定。

执行中扣押船舶，是执行生效法律文书作出的限制船舶使用与处分的一种强制措施，具有以下特点:一是不限于特定的海事请求。为执行判决、仲裁裁决以及其他法律文书，即使不属于《海事诉讼特别程序法》第二十一条规定的二十二种海事请求，仍可扣押被执行人的船舶;二是不要求申请执行人与被执行人提供担保。执行中扣押船舶以生效法律文书为执行依据，目的是责令被执行人履行义务，故不要求双方当事人提供担保;三是没有三十日扣押期限的限制，但应给予被执行人履行义务的一定期限，并告知其逾期将拍卖船舶的法律后果。这些特点表明：执行中扣押船舶的法律适用，融合着民事执行的普遍性与海事请求的特殊性，一方面要遵循民事执行的法律原则，适用《民事诉讼法》的规定;另一方面要参照《海事诉讼特别程序法》关于诉讼前、诉讼中扣押船舶的法律规定，该法没有规定的，适用民事执行的法律规定，导致执行中扣押船舶的相关法律适用缺乏系统性指引。

(二)未建立以死扣为原则、活扣为补充的法律制度

船舶扣押是限制船舶使用权、收益权和处分权的一种严厉措施，习惯上称为死扣，具体包括禁止营运，责令船舶停泊于某一港口，不得进行船舶转让、抵押等处分行为。相对死扣而言，另一种扣押船舶方式为活扣，即允许船舶继续营运，只限制对船舶进行转让或设立抵押等处分行为。

执行中扣押船舶应以死扣为原则。一方面可以形成强大压力，迫使被执行人尽快履行义务，另一方面减少船舶损坏灭失可能性，并可确保船舶拍卖后交付给买受人。而在活扣情形下，法院不能有效控制船舶，无法杜绝被执行人私自转让船舶的可能性以及避免船舶营运面临的风险。可是实务中当事人申请活扣的情形并不鲜见，主要原因有两点：一是船舶下落不明，申请执行人担心被执行人转移财产;二是当事人经协商允许船舶继续运营，所得利润用以清偿债务。可见活扣是不宜死扣情形下采取的一种补充措施。

《海事诉讼特别程序法》对活扣没有作出限制，但是最高人民法院的相关司法解释规定了活扣限于本航次运输，缩窄了原法条的适用范围，有悖于立法精神，且不符合执行工作的实际，申请执行人申请活扣往往不限于本航次运输，因此有必要进行修改。值得注意的是，活扣只是一种保全措施，不属于严格意义上的扣押，不能对抗其他法院死扣的效力，不影响其他案件或其他海事法院对同一艘船舶实施死扣，这些原则应当通过立法加以解决。

(三)未确立多次扣船的合法性与实务操作的规范性

是否允许多次扣船，我国法律没有作出明确的规定，长期以来存在争议。根据《海事诉讼特别程序法》第二十四条的规定，为执行同一案件或者同一债权扣押同一船舶，属于重复扣船，应予禁止。多次扣船是基于不同执行案件或者不同的债权扣押同一船舶，不属于重复扣押，应予允许。首先，多次扣船有利于保证船舶优先权及时行使。船舶优先权应当通过扣押船舶行使，有一年的时间限制，如不能多次扣船，船舶被其他人扣押后，优先权就会受到影响，可导致无法在一年内实施。其次，船舶价值较高，往往远远超过申请扣押船舶的相关数个案件所主张的债权，多次扣船可充分利用船舶价值保证多个债权的实现，从而区别于对同一财产价值的重复扣押。另外，船舶经扣押、拍卖后进行的债权分配，相当于一次小型破产程序，各债权人可以依照法定序位或者依照比例在船舶拍卖款中受偿，多次扣船并不影响这些债权依法共同参与船舶拍卖款的分配。

多次扣船容易引起混乱以及扣押顺序的冲突，有必要完善相关法律规定，执行中应以海事法院通知海事行政部门协助办理的时间确定扣押行为生效的先后顺序，先行通知并在海事行政部门登记在先的，首先发生效力，登记在后的扣押行为随后生效。

(四)未建立有效的协助执行联动机制

建立执行联动机制是扣押船舶亟待解决的问题。目前海事行政部门已建有一系列的船舶监控系统，包括雷达监控的VTS船舶交通管理系统、通过船舶设备监控的AIS船舶自动识别系统、船舶签证记录、船舶进出港口记录。海事法院在执行中需要及时查找与扣押船舶，应利用上述的船舶监控系统，与海事行政部门联合执法，建立执行联动机制，实时查询船舶动态，不仅加强海事执行的威慑力，而且改变执行中船舶难查、难找、难扣、难管的被动局面，可大大缓解海事执行难问题。但要注意的是，联合执法的主体不包括地方法院。《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国海事诉讼特别程序法〉若干问题的解释》第十五条规定，除海事法院及其上级人民法院外，地方人民法院对当事人提出的船舶保全申请应不予受理;地方人民法院为执行生效法律文书需要扣押和拍卖船舶的，应当委托船籍港所在地或者船舶所在地的海事法院执行。也就是说，地方法院不得扣押船舶或对船舶采取其他保全措施。目前各地海事局对是否受理地方法院扣船做法不统一，海事法院往往与多个地方法院共同扣押同一船舶，导致后续的拍卖及债权分配出现各种障碍，损害了司法权威。要彻底解决这种混乱现象，海事行政部门应严格依法执行，只受理海事法院的船舶扣押，地方法院在执行程序中为执行生效法律文书需要执行船舶财产的，应委托海事法院办理。这方面，法律层面缺乏执行联动机制。

(五)未明确船舶扣押的监护主体及责任

船舶被扣押后监管问题比较突出：地方公安机关往往以人员不足为由不愿派人协助法院监管，海事行政部门只从离港签证方面进行监管，因此难以对船舶作出严密的监管。扣押后的船舶停泊于海事行政部门管辖的范围之内，海事行政部门作为水上安全运输的行政管理机关，在专业技术、人员配备等方面具备监管条件，对扣押船舶的监管可作为一项协助执行义务由海事行政机关实施。在出现被扣押船舶逃逸的情形时，海事行政部门还应及时协助海事法院对逃逸船舶进行追查[杨喜平：《被扣押船舶的逃逸及其对策分析——兼论内河、沿海船舶扣押监护的相关法律问题》]。

船舶扣押后的看护问题，《海事诉讼程序程序法》对此未作出规定。鉴于船舶被扣押只是一种限制船舶使用与处分的执行措施，并未变更船舶的权属，仍然是船舶所有人的财产，应由船舶所有人或者占有人(光船承租人)负责看护。船舶所有人不履行管理职责，造成安全隐患的，按照最高人民法院《查封、扣押、冻结财产的规定》第十二条的规定，海事法院可委托第三人或者申请执行人代为管理船舶。船舶在此期间的风险与费用由被执行人承担，申请执行人垫付相关费用，可从船舶拍卖款中先行拨付。拍卖申请人申请解除船舶扣押的，该项费用由其承担。