合同有修改痕迹是无效的。我国相关法律规定，用人单位和劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容。变更劳动合同，应该采用书面形式。变更之后的劳动合同文本由用人单位和劳动者各执一份。根据这条规定，若是单位在没有和当事人协商的情况下修改劳动合同，单位的做法是违法的，也是无效的。

阴阳合同有效吗

对阴阳合同的效力可分为以下几种情况来认定：

1、阴阳合同中的阳合同因不体现当事人的真实意思而不发生法律效力；

2、阴合同是当事人的真实意思表示而认定为有效合同，阴合同只要内容合法，同样受到法律保护；

3、如果利用阴阳合同实施违法行为，或者以合法的形式掩盖违法的目的，则不仅伪装的阳合同无效。

《中华人民共和国民法典》第五百四十三条【协议变更合同】当事人协商一致，可以变更合同。

第五百四十四条【变更不明确推定为未变更】当事人对合同变更的内容约定不明确的，推定为未变更。