合同有修改痕迹无效。作为一份完整的合同，内容应真实，表达完整，协议明确，页面规则，记录正确。合同中的内容一般不允许有变更痕迹。有变更痕迹的合同必须由合同当事人确认为合同的真实含义，否则变更后的合同将被认定为无效或部分无效。在合同操作实践中，格式化合同或机器打印合同一般不允许变更，变更部分必须有合同当事人的确认程序和方法。

修改合同怎么处理

修改合同需要合同当事人协商，一方不能擅自修改合同。双方就修改的内容意思表示一致，对原合同没有约定或者约定不明的地方作出明确约定。

根据2021年实施的《民法典》第五百四十三条规定，当事人协商一致，可以变更合同。

第五百四十四条规定，当事人对合同变更的内容约定不明确的，推定为未变更。

第五百一十条规定，合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同相关条款或者交易习惯确定。

《中华人民共和国民法典》第一百四十六条行为人与相对人以虚假的意思表示实施的民事法律行为无效。

以虚假的意思表示隐藏的民事法律行为的效力，依照有关法律规定处理。