二者之间是否会互相影响通常取决二者是否具有可分性。一般来说，补充协议通常是为了补充主合同未明确约定的事项而订立的，效力依附于主合同，主合同无效，补充协议也无效；但是如果补充协议具备独立存在的可能，也可能不受主合同效力的影响。此外，补充协议中如果有清理、结算条款的性质，其效力不受主合同无效的影响。

补充协议与主合同有什么关系？

补充协议是主合同的从属合同，补充合同依附于主合同而成立，没有主合同，就不会产生补充合同，这是主合同与补充合同的基本关系。当补充合同的约定与主合同的约定发生矛盾时，应该以时间在后的约定条款为准执行。时间在后的约定，实际上是对主合同的原约定的重新修订，该新约定是补充合同的精要和实质。如果仍以主合同的原条款为准执行，那就失去了补充合同存在的意义。

《中华人民共和国民法典》第五百一十条合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同相关条款或者交易习惯确定