两者之间在印制、使用主体、内容、联次和发票作用都有所不同。

发票的印制方面:两者的要求不同：增值税专用发票由国务院税务主管部门指定的企业印制；普通发票，分别由省、自治区、直辖市国家税务局、地方税务局指定的企业印制。

发票使用的主体方面：增值税专用发票一般只能由增值税一般纳税人领购使用；普通发票则可以由从事经营活动并办理了税务登记的各种纳税人领购使用。

发票的内容方面：增值税专用发票比普通发票要多纳税人税务登记号、不含增值税金额、适用税率、应纳增值税额等内容。

发票的联次方面：增值税专用发票有四个联次和七个联次两种；普通发票则只有三联。

发票的作用方面：增值税专用发票除了做购销双方收付款的凭证，还作购买方扣除增值税的凭证；而普通发票一般不予作抵扣用。

一、一般纳税人开具工程款普通发票税率是多少

一般纳税人开具工程款普通发票税率分以下两种：

1、一般纳税人企业选择简易计税法和小规模纳税人的，增值税税率3%，开具增值税普通发票；

2、一般纳税人企业选择一般计税法的，增值税税率11%，开具增值税专用发票。

一般纳税人可以开具普通发票，普通发票的税率与专用发票的税率是相同的。

二、增值税发票丢失了要紧吗

1.如果是纳税人遗失了空白的增值税专用发票，需要在发现发票丢失当天向主管税务机关提供书面报告，然后纳税人还需要向税务机关提供遗失发票的相关信息，比如纳税人名称、遗失份数、遗失发票号码等情况，填具税务机关印制的专用表单后，持IC卡到国税主管机关办理电子发票退回或作废手续。按照我国发票管理办法，纳税人丢失发票的，由税务机关责令改正，可以处1万元以下的罚款；情节严重的，处1万元以上3万元以下的罚款。纳税人如果遗失的是空白的普通发票，其他程序与丢失专用发票相同，惟一的区别是刊登遗失声明的报纸可以是当地报纸，同样可能面临1万元以下的罚款。

2.如果纳税人遗失了已经开具的专用发票的抵扣联和发票联，而采购方尚未认证抵扣的，采购方持销售方提供的相应增值税专用发票记账联复印件到主管税务机关进行认证，认证相符的凭该增值税专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经采购方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证。

3.如果纳税人仅遗失了增值税专用发票的发票联，可将增值税专用发票抵扣联作为记账凭证，增值税专用发票抵扣联复印件留存备查。如果纳税人遗失了增值税专用发票的抵扣联，可使用增值税专用发票的发票联到主管税务机关认证。增值税专用发票的发票联复印件留存备查。

4.如果纳税人遗失已经过税务机关认证相符的已开具增值税专用发票的发票联和抵扣联，采购方凭销售方提供的相应增值税专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经采购方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证。若仅遗失了发票联，可将增值税专用发票抵扣联作为记账凭证，增值税专用发票抵扣联复印件留存备查。若仅遗失发票联、抵扣联、记账联或全部联次的，处理方式与遗失未认证专用发票相同。