股东资格应当进行工商登记，但是是否取得股东资格，并不是以工商登记为条件，投资人实际出资后，虽然未依法进行工商变更登记，但是工商变更登记本质上是属于行政管理方面的要求，并不能作为投资人是否取得了股东资格的唯一依据。

一、股权转让合同中不办理工商变更登记的约定是否有效

股权转让未办理工商变更登记是有效的。

股权转让协议，如系双方当事人真实意思表示，且内容并未违反法律规定，即合法有效，双方当事人均应依约严格履行。未进行工商变更手续，并不影响合同的效力。

股东变更登记其实只是工商部门对公司进行的一种工商行政管理行为，它本身只具有确认股权转让的功能，而不决定股权转让是否有效。工商登记只是种对外公示的行为，起到对抗公司以外的第三人的效力。

综上所述，工商变更登记与否不影响股权转让的效力。

二、股东被公司开除股份怎么处理？

股东是投资人，作为出资者按其出资数额(股东另有约定的除外)，享有所有者的分享收益、重大决策和选择管理者等权利。公司无权开除股东，但股东可以因为股份转让、赠予、被公司依法回购、人民法院强制执行，从而丧失资格。

股东滥用权利造成公司损失的，应当承担赔偿责任。

三、股东购买股份不登记

根据我国公司法的规定，公司有重大事项发生变更，应当向工商行政管理机关申请变更登记。增加股东、增加公司的注册基本，均属于公司的重大变更事项，都应依法修改公司章程、变更股东名册、出具出资证明书和办理相关变更登记手续。由此，以上工商变更登记的手续仅是公司的行政义务，不履行这一义务并不意味着否定内部出资人的股东身份，工商登记只是对抗善意第三人的一种公示方式。股东未经登记的情况下享有股东权益可按以下原则来认定股东资格：(1)当实质性证据与形式化证据发生冲突时，应优先适用形式化证据来认定股东的资格。(2)在对内关系，即股东资格的争议发生于公司与股东、股东与股东或股份出让人与受让人之间，也就是不存在第三人时，工商登记只具有对外公示的功能和证权的效力，应当以股东名册和公司章程记载为认定股东资格的依据；(3)在对外关系上，工商登记是对抗第三人最主要的证据。公司设立时，全体股东须共同签署公司章程并经工商登记，在设立登记中记载有股东名称或姓名的人可以对抗公司、其他股东和第三人而主张其具有股东资格。