有限公司申请破产清算的是公司的实际资产。

破产申请，是指由当事人或利害关系人向法院提出的宣告债务人破产以清偿债务的诉讼请求。从各国破产法看，享有破产申请权的通常包括债权人、债务人和准债务人即法人理事、有限公司董事、无限公司无限责任股东、清算人等。中国企业破产法（试行）规定，债权人和债务人具有破产申请权，但债务人申请破产须经其上级主管部门同意。破产申请应向对案件有管辖权的法院以书面形式提出，申请人申请时应履行法律规定的举证义务，提供必要的证据材料。

有限责任公司可以申请破产。公司不能清偿到期债务，并且资产不足以清偿全部债务的，可以向人民法院提出破产清算申请。也可以由债权人向人民法院提出对公司进行破产清算的申请。

有限责任公司申请破产，应当由债权人或者债务人向人民法院提出破产申请；在提出申请时，应当提交破产申请书和有关证据。如果是债务人提出申请的，其还应当提交财产状况说明、债权清册、债务清册、相关的财务会计报告、职工安置预案以及职工工资的支付和社会保险费用的交纳情况；由人民法院裁定是否受理破产申请。如果法院裁定不予受理破产申请，申请人对该裁定不服的，可以自裁定送达之日起十日内，向上一级人民法院提起上诉。

有限公司申请破产的条件为企业经营严重亏损；企业不能清偿到期债务，并且资不抵债或明显缺乏清偿能力。有限责任公司破产债务按照破产程序，应当通知并公告债权人登记债权。公司一般财产（非抵押物）处置所得顺序，扣除破产费用、员工工资和安置费用、国家税金。再有享有抵押权的债权人优先受偿。剩余部分不足偿付全部债务时由一般债权人按比例受偿。偿还债务若有剩余的，由全体股东按照出资比例或公司章程规定分配。公告日起45日后未登记的债权可以不再偿还。