农村土地使用合同只要到有关机构办理相关手续就能补办。根据相关法律规定，建设单位使用国有土地的，应当按照土地使用权出让等有偿使用合同的约定或者土地使用权划拨批准文件的规定使用土地，并经有关人民政府自然资源主管部门同意，报原批准用地的人民政府批准。

一、土地使用权变更登记的申请

由用地者填写变更土地登记申请书，说明变更依据和变更内容，同时提供下列证明材料：

(一)因土地有偿出让、转让引起国有土地使用权转移的，应提交出让、转让合同及有关批准文件。

(二)用出让、转让获得的土地使用仅进行抵押、或因抵押终止引起权利消失的，应提交抵押合同和有关批准文件。

(三)因买卖、转让地上建筑物、附着物引起土地使用权转移的，应提交地上变更后的房屋所有权证书等。

(四)因继承地上附着物引起土地使用权转移的，应提交地上建筑物的建筑物产权证明及公证机关有关继承权的公证书。

(五)机构调整、企业兼并等引起土地权属变更的，应提交有关领导部门的批准文件和原土地证书。

(六)因处分抵押财产引起土地使用权转移的应提交有关的证明文件。

(七)商品房预售，预售人应在预售合同签定后三十日内，将预售合同报土地座落区县土地管理部门备案。

(八)划拨土地使用权依法办理土地使用权出让手续的，应提交土地使用权出让合同、出让金缴纳凭证及原土地证书。

(九)土地使用者、所有者和土地他项权利者更改名称、地址的，应提交有关证明文件和原土地证书。

(十)国有土地的用途发生变更的，应提交土地管理部门的批准文件和原土地证书。

二、土地闲置费的意思是怎样的

土地闲置费是指土地使用者依法取得土地使用权后，未经原批准用地的人民政府同意，超过规定的期限未动工开发建设造成土地荒芜、闲置时，由土地使用者向土地行政主管部门缴纳的费用缴纳闲置费。具体可以分以下情况：

1、以出让方式取得的土地使用权。根据《城市房地产管理法》第25条的规定，超出出让合同约定的动工开发日期满一年未动工开发的，可以征收相当于土地使用权出让金20%以下的土地闲置费；满二年为动工开发的，可以无偿收回土地使用权。

2、以划拨方式取得的集体土地使用权。根据《土地管理法》第37条的规定，一年内未动工建设的，应当按照该省的规定缴纳闲置费；连续二年未使用的，经原批准机关批准，由县级人民政府无偿收回用地单位的土地使用权。

3、你取得的土地使用权用地手续没有办完全，没有达到一定得开发条件，国土管理部门按程序没办法为你办理土地转让相关手续的。

4、缴土地闲置费的起止时间是从签订《土地土地使用权出让合同》之日起算的。满一年未动工建设的，按规定缴闲置费；满二年未动工建设的，可以无偿收回。

5、土地的转让是在土地出让的前提下进行的。达到土地转让条件的，双方当事人签订“土地转让协议”，到国土部门办理土地权属变更手续，把土地使用权变更为承让人的土地使用权。