格式合同中的仲裁协议条款有效。根据《中华人民共和国仲裁法》相关规定，仲裁协议独立存在，合同的变更、解除、终止或者无效，不影响仲裁协议的效力。因此，格式合同的仲裁协议有效，不因格式合同的无效而无效。

一、格式合同条款无效的情形，如下

格式合同条款无效的情形包含：无民事行为能力人订立的格式合同无效；行为人与相对人以虚假的意思表示订立的格式合同条款无效；违反法律、行政法规的强制性规定的格式合同条款无效；违背公序良俗的格式合同条款无效；提供格式条款一方不合理地免除或者减轻其责任、加重对方责任、限制对方主要权利以及提供格式条款一方排除对方主要权利的无效。此外，格式合同中的下列免责条款无效：（一）造成对方人身损害的；（二）因故意或者重大过失造成对方财产损失的。

二、买卖合同无效怎样维权

合同无效或者被撤销后，因该合同取得的财产，应当予以返还;不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿，有过错的一方应当赔偿对方因此所造成的损失。无效的土地买卖合同的维权方式有两种：

1、仲裁。如果双方约定了仲裁条款或者达成了仲裁协议的，可以将该合同纠纷提交到仲裁委进行仲裁。

2、诉讼。诉讼是解决合同争议的最后方式。是指人民法院根据争议双方的请求、事实和法律，依法做出裁判，藉此解决争议的方式。当事人没有订立仲裁协议或者仲裁协议无效的，可以向人民法院起诉。

三、什么是合同的格式?

格式合同，是当事人为重复使用而预先拟订并在订立合同时未与对方协商的条款。格式合同中如有规定免除制定方的责任，加重对方的责任，或者排除对方主要权利的条款均无效。但该条款无效，不影响格式合同其他条款的效力。