工程结算低于合同价的处理方式如下：

1、应参照施工合同的约定结算工程价款。建设工程施工合同无效，但建设工程经竣工验收合格，承包人请求参照合同约定支付工程价款的，应予支持；

2、应按照定额结算工程价款。按照施工成本价进行结算，对双方均无损失，按照施工成本价据实结算是公平的，更有利于维护合同的稳定性和平衡双方利益；

3、参照合同约定结算工程款，并将合同约定价款与成本价之间的差额作为损失计入。

一、工程合同无效违约责任是什么

违约责任有三种基本形式，即继续履行、采取补救措施和赔偿损失。除此之外，违约责任还有其他形式，如违约金和定金责任。

相关法律规定：

第二条建设工程施工合同无效，但建设工程经竣工验收合格，承包人请求参照合同约定支付工程价款的，应予支持。

第三条建设工程施工合同无效，且建设工程经竣工验收不合格的，按照以下情形分别处理：

（一）修复后的建设工程经竣工验收合格，发包人请求承包人承担修复费用的，应予支持；

（二）修复后的建设工程经竣工验收不合格，承包人请求支付工程价款的，不予支持。

因建设工程不合格造成的损失，发包人有过错的，也应承担相应的民事责任。

1、承包人的责任

（一）工程质量不符合合同规定的，负责无偿修理或返工。由于修理或返工造成逾期交付的，偿付逾期违约金；

（二）工程交付时间不符合规定，按合同中违约责任条款的规定偿付逾期违约金。

2、发包人的责任

（一）超过合同规定日期验收，按合同的违约责任条款的规定偿付逾期违约金。

（二）不按合同规定拨付工程款，按银行有关逾期付款办法或“工程价款结算办法”的有关规定处理。

（三）工程未经验收，发包人提前使用或擅自动用，由此而发生的质量或其他问题，由发包人承担责任。

（四）未能按照承包合同的规定履行自己应负的责任，除竣工日期得以顺延外，还应赔偿承包人因此发生的实际损失。

（五）工程中途停建、缓建或由于设计变更以及设计错误造成的返工，应采取措施弥补或减少损失，同时，赔偿承包人由此而造成的停工、窝工、返工、倒运、人员和机械设备调迁、材料的构件积压的实际损失。

二、工程合同无效有什么法律后果？

建设工程合同无效的法律后果，司法解释和司法意见均有散见的规定。具体有以下情形：

1、建设工程经竣工验收合格的建设工程施工合同无效，但建设工程经竣工验收合格，承包人请求参照合同约定支付工程价款的，应予支持。

2、承包人超越资质等级许可的业务范围签订建设工程施工合同，在建设工程竣工前取得相应资质等级，当事人请求按照无效合同处理的，不予支持。

3、人民法院可收缴当事人已经取得的非法所得。

4、合同无效，但工程经竣工验收合格或交付使用，但合同价款约定不明的，应当按工程定额、工程量对工程造价进行鉴定，以鉴定结果确定工程价款。

5、合同无效，工程竣工验收合格，发包人要求扣除工程折价款中所含利润的，人民法院不予支持。

6、合同无效，发包人与承包人达成的结算协议有效。