上市公司收购的股份如何处理，取决于收购协议。如果是全资收购，一般向被收购公司的股东支付资本金，收购股东的股份。《上市公司收购管理办法》第五十条收购人公告上市公司收购报告书，应当提交下列文件备查：（一）中国公民身份证明或者法人证明文件（二）上市公司根据收购人的实力和工作经验制定的后续发展规划；（三）收购人与被收购公司存在同业竞争或者关联交易的，（四）购买人为法人或者其他组织，其控股股东、实际控制人近两年未发生变化的；（5）收购人及其控股股东、实际控制人是两个以上上市公司及其核心企业、核心业务、关联企业和主营业务的，控股股东、实际控制人持有公司5%以上股份的，还应当提供上市公司的情况，银行、信托公司、证券公司、保险公司和其他金融机构；

（6）财务顾问的信用记录、收购资金来源的合法性，购买方近三年履行相关承诺和披露相关信息的能力购买方成立不足三年的，财务顾问还应当对其控股股东或者实际控制人的诚信记录出具核查意见在过去的三年里。除第一款第（二）项至第（六）项规定的文件外，还应当提交下列文件：

（一）财务顾问出具的收购人符合对上市公司战略投资条件并有能力收购上市公司的验证意见；

（2）买方接受中华人民共和国关于管辖权和仲裁的声明。