1、查明事实阶段。即查清违章建筑形成的时间、原因、结构、面积、用途，是否存在民事纠纷，是否存在同时违反两个以上的行政法律规范的情形，是否已经行政执法机关查处等。对已经查处的按查处的结论办理，对未经查处的，进入下阶段。

2、处理和处罚阶段。第一步按时间分类分流。根据各地城市规划的具体时间合情合理地确定违法建筑的时间界限。第二步，按是否存在违章建筑的行为同时违反了两个以上的行政法律规范的情形为标准分类分流。第三步，作出处理或处罚决定。然后根据处理或处罚决定分别处置，对补办手续的，进入补办手续阶段；对处以没收或限期拆除的，进入执行阶段。

3、补办手续阶段。对依法应当直接补办手续或经过处罚后要求补办手续的，由违章建筑的当事人到相关行政部门补办手续。

4、签定安置补偿协议阶段。在此阶段，由拆迁双方自行确定安置补偿方案。对协商不成的，经一方当事人申请可进入行政裁决阶段；对达成协议后，被拆迁人拒不履行的，经拆迁人申请，可进入强制拆迁阶段，由人民法院依法强制执行。

5、行政裁决阶段。对拆迁当事人经协商未能达协议，经一方当事人的申请行政裁决的，行政机关应予受理。行政机关在受理后，应及时将申请人的申请书及证据发送给对方当事人，并告知其权利与义务。行政机关在查明事实的基础上，在法定期限内就安置补偿作出行政裁决决定，并明确当事人搬迁的期限。

6、强制执行阶段。对于被拆迁人（即违章建筑的当事人）不履行安置补偿协议或安置补偿裁决的，经申请，可由人民法院依民事司法强制执行程序或行政司法强制执行程序强制执行，亦可由人民政府责成相关行政部门组织行政强制拆迁，强制被拆迁人搬迁，并拆除其建筑物等。

一、房屋被征收安置补偿方式有哪些

1、货币补偿

货币补偿是房屋征收中最常见的补偿方式，是指在房屋征收补偿中，根据被征收人的选择，市、县级人民政府确定的房屋征收部门以货币的形式对被征收人的房屋价值给予补偿的方式。被征收房屋价值，根据被征收房屋的区位、用途、建筑面积等因素、由具有相应资质的房地产价格评估机构按照国务院住房城乡建设部制定的《评估办法》评估确定。房屋征收部门支付的补偿款可以等于或高于被征收房屋的价值，但不得低于被征收房屋的价值。

货币补偿是一种简便易行的补偿方式，付清补偿款后几乎没有后续问题。是征收人最愿意接受的一种方式。为鼓励被征收人选择货币补偿方式，各地往往通过提高补偿标准的方式吸引被征收人选择货币补偿方式。

2、产权调换

所谓产权调换，是指在房屋征收补偿中，根据征收人的选择，市、县级人民政府用自己购买或建造中的房屋所有权补偿给被征收人，并按照被征收房屋的价值与用于产权补偿的价值进行差价结算的补偿方式，被征收的价值和用于产权调换的房屋的价值均由相应的资质的评估机构按照房屋征收评估规则评估确定。

产权调换方式通常是由于被征收人无其他住房或者不愿意至其他地域生活，而选择搬至征收人提供的安置房屋居住。近几年由于房屋价格持续上涨，而征收人提供的房屋价格相对适中，导致被征收人更乐于选择产权调换的补偿方式。

3、货币补偿和产权调换相结合

在征收补偿中，对被征收房屋一部分实行货币补偿，一部分实行产权调换补偿，即是货币补偿和货币补偿相结合的补偿方式。这种补偿方式，在法律实务中是普遍存在的。在实行产权调换时，调换房屋面积的建筑面积与被征收房屋的建筑面积很难正好相等；即使相当，也可能在结构上不相同，需要进行价格结算。因此，这是就需要通过货币补偿的形式，对产权调换补偿不足部分加以补偿。

二、合法建筑的拆违式拆迁

这种情况下，被拆迁人主张赔偿损失的可以参照合法建筑拆除应当获得的补偿，合法建筑的拆除补偿主要包括以下几个方面：

1、被征收房屋价值的补偿；

2、因征收房屋造成的搬迁、临时安置的补偿；

3、因征收房屋造成的停产停业损失；

4、奖励和补助。届时，被拆迁人可以依法申请确认强拆行为违法，确认违法后可主张行政赔偿。