由于高校企业普遍存在产权不清、注册资金不实、投资主体地位不落实等问题，为了依法保护学校权益，有效规避企业经营风险，2001年11月，国务院办公厅转发体改办、教育部《关于北京大学、清华大学规范校办企业管理体制试点指导意见》(下称58号文件)，由此清华大学与北京大学正式进行各自的校企改制。58号文件对校企改制试点提出对应的目标：

一是实现校企分开，明确产权关系，使校办企业成为承担有限责任、自主经营、自负盈亏的市场主体，并对国有资产承担保值增值责任;

二是逐步建立和完善学校在创办高科技企业中的投入与退出机制。

2002年，全国高校企业改制拉开序幕，着力构建高校的投资防火墙并力图将校办企业打造成真正的市场主体。目前我国相当部分高校已经对其校办企业进行了成功改制，完善现代企业制度，组建了学校的资产经营公司，包括学校成立资产管理委员会，建立了现代企业运行框架。这些新型的校办企业管理体制和运行机制的建立，为高校企业的健康发展和高校教产研的有机结合奠定了良好的基础。