1、员工被辞退年终奖也要被扣，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。

2、年终奖由用人单位规章制度规定，员工被辞退扣除年终奖不属于克扣或者无故拖欠劳动者的工资。

3、法律依据：《工资支付暂行规定》

第九条劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。

一、员工年终奖怎么算个税

年终奖个人所得税计算方式：

1、发放年终奖的当月工资高于5000元时，年终奖扣税方式为：年终奖乘税率-速算扣除数，税率是按年终奖/12作为“应纳税所得额”对应的税率。

2、当月工资低于5000元时，年终奖个人所得税=(年终奖-(5000-月工资))乘税率-速算扣除数，税率是按年终奖-(5000-月工资)除以12作为“应纳税所得额”对应的税率。

由于单位发放给员工的年终奖形式不同，个人所得税计算方法也不尽相同：

1、员工当月的工资薪金超过5000元，再发放的年终奖单独作为一个月的工资计算缴纳个人所得税。

全年一次性奖金，单独作为一个月计算时，除以12找税率，但计算税额时，速算扣除数只允许扣除一次。

2、员工当月的工资薪金不超过5000元，再发放的年终奖单独作为一个月的工资计算缴纳个人所得税。

但可以将全年一次性奖金减除“雇员当月工资薪金所得与费用扣除额的差额”后的余额，作为应纳税所得额。其中“雇员当月工资薪金所得”以收入额扣除规定标准的免税所得(如按规定缴纳的社会保险和住房公积金等)后的数额。

3、员工一个年度在两个以上单位工作过，只能按照国税发文件规定，在一个纳税年度内，对每一个纳税人年终奖计税办法只允许采用一次，纳税人可以自由选择采用该计税办法的时间和发放单位计算。