处理方式如下：

1．如应立案调查却适用简易程序当场处罚；应立案调查却未立案，但当事人却缴纳了罚款；对应立案调查的违法行为不进行调查。

2．依法不应当立案却立案的。如明知当事人不存在违法行为却立案调查；有证据证明违法行为涉嫌构成犯罪，应当依法移送司法机关追究刑事责任却未移送，仍立案调查。

3．立案期间错误。如立案日期早于案件来源日期；投诉、申诉、举报、其他机关移送和上级机关交办案件的立案期限超过15个工作日。

行政处罚对象的主体认定错误

认定违法主体应当把握以下原则1、依法认定原则如果法律分别规定了对单位和个人的处罚幅度，则严格依照法律的规定执行。2、单位优先原则如果在环境违法行为实施中存在单位和个人两种主体，则优先把单位确定为违法主体。3、经营负责原则无论内部以承包方式、租赁方式、委托方式或者其他方式经营，对行政机关和对社会以谁的名义经营谁就是违法主体。

《行政处罚法》第54条，行政机关应当建立健全对行政处罚的监督制度。县级以上人民政府应当加强对行政处罚的监督检查。公民、法人或者其他组织对行政机关作出的行政处罚，有权申诉或者检举；行政机关应当认真审查，发现行政处罚有错误的，应当主动改正。