申请公司清算后不一定必须终止，公司只有经清算后仍然资不抵债，才需向法院申请宣告破产，进而注销公司后，公司终止。

一、公司有股权纠纷能不能注销

公司有股权纠纷能注销。公司想要去公司登记机关办理注销登记的，应当对公司的财产进行清算，只要公司的清算组对公司的财产进行清算，然后制作清算报告，在股东会、股东大会确认后，再报送公司登记机关，申请注销公司登记，公告公司终止。因此只有对公司的财产进行清算，在清算结束后，可以去办理注销登记，跟公司是否有股权纠纷无任何关系。

二、三证合一的营业执照怎么注销

公司到登记机关办理公司注销程序之前一定要依法进行公司清算，包括终止生产经营销售活动、了结公司事务、了结民事诉讼、清理债权和债务和分配剩余财产等。

公司不论是何性质的清算，均应依下列步骤展开：

1、成立清算组。

2、展开清算工作。

清算组自成立之日起接管公司，开展以下业务：接管公司财产、了结公司未了业务、收取债权、清理债务、分配剩馀财产、注销公司法人资格并吊销营业执照。

3、通知债权人申报债权。

4、提出清算方案。

清算组在清理公司财产、编制资产负债表和财产清单后，拟定提出清算方案，报股东会讨论通过或者主管机关确认。清算方案的主要内容有：清算费用、应支付的职工工资和劳动保险费、应缴纳的税款、清偿公司债务、分配剩馀财产、终结清算工作。

在清算进行完以后，才能进行注销。

三、公司注销过程需要分别去以下7个部门或机构办理相应账户注销：

1、社保局：核查是否有未缴清社保费用，然后注销公司社保账号。

2、税务局：核查是否有未缴清税款或费用，然后注销公司的国、地税。

3、报纸媒体：公司需自行登报公示，宣告公司即将注销。

4、工商局：办理公司注销备案，注销营业执照。

5、开户行：注销公司开户许可证和银行基本户等其他账户。

6、质监局：到质监局注销公司的许可证例如生产许可证。

7、公安机关：注销公司印章的法律效应（印章本身可不上交）。

四、公司破产资不抵债该怎么办

公司破产资不抵债应依照破产程序进行。

依照破产程序，清算组首先应从归公司所有或经营管理的财产中除去担保物，将剩余的财产作为破产财产。如果担保物价值超过所担保的债务数额，则超过部分属于破产财产。对于担保物，应当以折价，或拍卖、变卖等方式，优先清偿担保债权。

清算组在清理公司财产、编制资产负债表和财产清单后，如发现公司财产能够清偿公司债务的，应分别支付清算费用、职工工资和劳动保险费用，缴纳所欠税款，清偿公司债务，然后将剩余财产在法人出资人之间按出资比例分配；如果发现公司资不抵债的；应当立即向人民法院申请宣告破产。人民法院作出破产宣告后，指定成立新的清算组。