在建项目因财政困难能否申请土地使用税减免？是的。根据《城市土地使用税暂行条例》第六条规定，下列土地免征土地使用税：

（一）国家机关、人民团体和军队自用土地；

（二）国家财政部门出资的事业单位自用土地；

（三）个人自用土地宗教寺庙、公园、名胜古迹；（四）市政街道；（五）直接用于农、林、牧、渔业生产的土地；（六）批准复垦重建的土地和废弃土地，从使用月份起，免征5年至10年的土地使用税；（7）能源、交通、水利等设施用地和财政部规定免税的其他用地。根据第七条规定，除本条例第六条规定外，纳税人缴纳土地使用税有困难，需要定期减免的，由各省税务机关审核，自治区、直辖市报国家税务总局批准。

根据上述规定，减免土地使用税，应当先经省、自治区、直辖市税务机关审查，报国家税务总局批准。