三方协议和两方协议的区别是合同本质不同，三方协议书，三方是指毕业生、用人单位和毕业生所在院校。三方协议是《全国普通高等学校毕业生就业协议书》的简称，它是明确三方在毕业生就业工作中的权利和义务的书面表现形式，能解决应届毕业生户籍、档案、保险、公积金等一系列相关问题。

协议在毕业生到单位报到、用人单位正式接收后自行终止。双方协议签订的主体是两方，不涉及到第三方，只要双方意思表示真实即可。

“三方协议”与劳动合同有何区别

“三方协议”与劳动合同区别：三方协议是学生在校期间签订，劳动合同是毕业生毕业离校后到单位正式报到后签订；三方协议的主体是学校、毕业生和用人单位，劳动合同的主体是劳动者和用人单位；三方协议主要适用《普通高等学校毕业生就业工作暂行规定》、《民法典》，劳动合同主要适用《劳动法》、《劳动合同法》。

《民法典》第五条民事主体从事民事活动，应当遵循自愿原则，按照自己的意思设立、变更、终止民事法律关系。