获得土地的方式不同，经济适用房建设用地实行行政划拨，免交土地出让金；商品房采用出让方式须交纳土地出让金；

成本结构不同；

租售政策不同，经济适用房只售不租，商品房不受限制；购买条件和对象不同，经济适用房享受政府优惠，其购买对象是特定的，只供给城镇中低收入家庭，因而要实行申请审批制度，商品房购买对象和条件不受限制；

价格政策不同，经济适用房出售实行政府指导价，不得擅自提价出售。商品房出售价格完全由市场决定。居民个人购买的经济适用房产权归个人；房屋的产权分四部分：使用权、占有权、处置权和收益权，与商品房相比经济适用房的产权只在收益权上与它们不同。商品房上市出售后，收益全部归个人所有。