夫妻一方不承认分居事实，另一方可以通过向法院提交以下证据证明双方已分居两年：

一、一方在外居住的房屋租赁合同；

二、双方签订的夫妻分居书面协议，如果是口头协议，必须对方承认；

三、一方向另一方发出的书面分居文书；

四、双方来往的书信、电子邮件等能证明双方感情不和分居的事实。

一、分居离婚证据该如何收集

1、一方在外居住的房屋租赁合同;

2、双方签订的夫妻分居书面协议;

3、一方向另一方发出的书面分居文书;

4、双方来往的书信、电子邮件等能证明双方感情不和分居的事实;

5、人证也可以，比如双方都认识的朋友或者亲戚，要辅佐以其他的证据。

二、什么叫分居怎么证明分居事实呢

分居是指夫妻双方在继续维持其夫妻关系的情况下，停止共同生活，并各自建立属于自己的生活方式的状况。

能证明夫妻分居的常见证据如下：

1、一方在外居住的房屋租赁合同；

2、双方签订的夫妻分居书面协议，一定是要书面的，口头协议必须对方承认；

3、一方向另一方发出的书面分居文书，最好是用快件性质邮寄，在备注栏里注明分居，并且保留邮寄凭证，从邮寄之日起到提起离婚期间属于夫妻分居时间；

4、双方来往的书信、电子邮件等能证明双方感情不和分居的事实；

5、人证也可以。

三、分居两年离婚需要什么证明

能证明夫妻分居的常见证据：

1、一方在外居住的房屋租赁合同;

2、双方签订的夫妻分居书面协议，一定是要书面的，口头协议必须对方承认;

3、一方向另一方发出的书面分居文书，最好是用快件性质邮寄，在备注栏里注明“分居”，并且保留邮寄凭证，从邮寄之日起到提起离婚期间属于夫妻分居时间;

4、双方来往的书信、电子邮件等能证明双方感情不和分居的事实;

5、人证也可以，比如双方都认识的朋友或者亲戚，不过因为证人往往和为其作证的一方有利害关系及分居是夫妻私事，所以单独的证人证言难为法院采信，要辅佐以其他的证据。