特许经营合同纠纷本质上属于合同纠纷，根据考民事诉讼法第23条的原则规定，因合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。实践中，当事人往往对管辖问题做出约定，人民法院经审查合法有效的，不违反关于知识产权案件专属管辖和级别管辖规定的，可以按照约定确定管辖法院。

特许经营合同纠纷是指拥有注册商标、企业标志、一专利、专有技术等经营资源(知识产权)的企业(即特许人)，将其拥有的经营资源许可其他经营者(即被特许人)使用，被特许人按照合同约定在统一的经营模式下开展经营，并向特许人支付特许经营费用的合同而引起的纠纷。

确定该案由应当注意的问题

虽然特许经营一也被称为特许连锁，但并非连锁经营都构成特许经营，直营连锁因连锁店属于总部自有、非独立经营而不属于特许经营范畴。特许经营与特约经销、特约代理、独家经销(如特约店、代理店、专卖店)也有所不同。特许经营是总部将商标、商号、专利、经营诀窍等的使用许可和经营指导等作为组合提供与加盟店的，由此获得加盟店支付的使用费。与此相反，特约店、代理店、专卖店是基于定型合同(格式合同)，就附有某一制造商商标的特定商品进行持续性地买人、再卖出，或者受其委托经销该产品。在特许经营中，必须要确保特许经营体系的统一性和产品、店的经营给予全面的指导对其进行指导、援助的，援助;在特约店服务质量的一致性，即总部对加盟、代理店、专卖店中，也有制造商，但这只不过是制造商附随商品的批发销售的二次行为，该行为自身通常不能请求支付使用费。

特许经营本身是一项民商事行为(合同行为)，本质上属于民商事法律的调整范围。特许经营的核心内容是涉及商标、商号、专利和专有技术等的许可使用问题。因此，对于因特许经营引发的纠纷，除了适用《民法典》以外(尽管特许经营合同不属于《民法典》列名合同)，一般情况下都会涉及《商标法》、《专利法》、《反不正当竞争法》等知识产权法律的适用问题，而其他相关法律多是偶尔或者附带涉及。可以说，因特许经营产生的纠纷一般情况下都是直接与知识产权有关的合同纠纷或者侵权纠纷。因此，《规定》将之列入知识产权合同纠纷。