在对存货损失的处理上，会计制度规定：由于预见存货可能遭受损失或不合市价，出于会计上的谨慎性，企业在期末要计提存货跌价准备，但税法上不予认可；对于正常的存货损失，会计处理等同于税法，在本年利润中直接扣除；对于存货的非正常损失，会计上分两种情况在本年利润中直接扣除，即自然灾害损失，在扣除保险公司等赔偿后记入营业外支出，而因管理不善造成货物被盗窃、发生霉烂变质等损失，扣除有关责任人员赔偿后记入管理费用。

一、存货损失的税收处理

1.增值税方面

企业发生非正常损失的购进货物，其进项税额不得从销项税额中抵扣。如果企业在货物发生非正常损失之前，已将该购进货物的增值税进项税额实际申报抵扣，则应当在该批货物发生非正常损失的当期，将该批货物的进项税额予以转出。

2.所得税方面

对于因管理不善记入管理费用和因自然灾害记入营业外支出的存货非正常损失，如果具备第13号令中规定认定的证据，经税务机关审查批准后，准予在当期税前扣除。

二、存货损失的会计处理

某内资企业系一般纳税人，20×6年不包括以下经济业务的情况下的会计利润为200万元，应交增值税金已足额上交，其它会计资料反映情况如下：

已计提存货跌价准备15万元；因仓库保管员王某放松责任心，导致仓库原材料被盗，经盘查，材料账面价值为50000元（其中含分摊的运费4650元）；意外火灾造成库存产品全部烧毁，该产成品的非正常损失金额40万元。已知全年总计耗用存货金额500万元，全年生产成本金额800万元；12月份盘亏一批8月份购入的材料（已抵扣进项税额），盘亏金额为9万元，查明属于定额内自然损耗；以上材料进项税税率为17%，不考虑其他税费和纳税调整。

根据上述材料，该企业应进行如下账务处理：

1.存货跌价准备只影响计税所得额，即调赠应纳税所得额15万元，并不影响会计利润额，故不必作调账分录；

2.被盗材料进项税额转出＝（50000－4650）×17%＋4650÷（1－7%）×7%＝8059.50（元）

借：待处理财产损溢58059.50

贷：原材料50000

应交税费———应交增值税（进项税额转出）8059.50

20×6年12月20日经董事会批准，由王某赔偿2万元，并报经税务机关审批同意后，

借：管理费用38059.50

其他应收款———王某20000

贷：待处理财产损溢58059.50

3.被毁产成品的进项税转出额＝（产成品的损失金额×全年耗用存货金额÷全年生产成本金额）×适用税率＝（40×500÷800）×17%＝4.25（万元）

借：待处理财产损溢442500

贷：产成品400000

应交税费———应交增值税（进项税额转出）42500

20×6年12月20日经董事会批准，并报经税务机关审批同意后，

借：营业外支出442500

贷：待处理财产损溢442500

4.盘亏入账时：

借：待处理财产损溢105300

贷：原材料90000

应交税费———应交增值税（进项税额转出）15300

定额内合理损耗，属正常损失，不必报经税务机关审批，直接在当年所得税前扣除，

借：管理费用———定额损耗105300

贷：待处理财产损溢105300

根据上述业务，该企业应交增值税＝8059.50＋42500＋15300＝65859.50（元）应税所得额＝2000000＋150000－38059.50－442500－105300＝1564140.50（元），应交所得税＝1564140.50×33%＝516166.37（元）。

需要注意的是，如果以上非正常损失当年未报税务机关批准，则不允许在当年及以后年度抵扣；对于正常损耗，虽少了审批这一程序，但也要在证据确凿后才在当年扣除。