1、对于人民检察院直接受理侦查案件的线索，按以下方式进行核实：

(1)上级人民检察院在必要时，可以直接调查核实或者组织、指挥、参与下级人民检察院的调查核实，可以将下级人民检察院管辖的案件线索指定辖区内其他人民检察院调查核实，也可以将本院管辖的案件线索交由下级人民检察院调查核实；

(2)下级人民检察院认为案件线索重大、复杂，需要由上级人民检察院调查核实的，可以提请移送上级人民检察院调查核实。

2、法律依据：《人民检察院刑事诉讼规则》第一百六十七条

一、刑事诉讼证据的审查方法

1、个别审查，主要指甄别法。用于对收集的证据逐一地进行单个审查和鉴别，是审查、判断证据最常用的方法，也往往是最先使用的方法，可以对证据进行初次净化和筛选。运用此方法，要求依据客观事物发生、发展、变化的一般规律和常识去辨别证据的真伪，判断其是否具有证明力。

2、综合审查。审查、判断证据不能孤立地看待各个证据，应综合审查、判断全案证据材料。一方面，对不同种类的证据，要结合起来进行综合审查、判断，审查各个证据所证明的事实是否一致，是否存在矛盾；另一方面，还应把案内所有的证据与案件事实联系起来，不但证据与证据之间，而且证据与案件事实之间都要协调一致，没有矛盾。

3、辨认。即对某一事物不能确定的情况下，组织曾与该事物接触过的有关人员加以指认与确定的活动，这是一种有效方法，也是刑事侦查中经常运用的方法。辨认必须按程序进行，在使用辨认结果时要进行查证和复核，并应有其他证据相互印证，防止发生错误进而造成严重后果。

4、对质。即执法人员按照法定程序组织和指挥了解该事实的两个或两个以上的人，就特定的案件事实或者证据事实进行互相询问、反驳和辨认的方法。一般是在涉及案件的重要问题上，且除了进行对质外别无他法的情况下才可采用此法。

5、技术鉴定。鉴定是审查、判断某些物证和书证必不可少的手段，如一些物品或者物质痕迹仅凭司法人员的一般知识是无法判明其性质和特征的，都需要运用各种鉴定方法才能判明。随着现代高科技的发展，新的鉴定手段越来越多，也越来越可靠。

6、侦查实验。即为了审查、判断某一现象在一定的时间内或情况下发生，而依法将该现象发生的过程加以重演或再现的一种活动和方法。按照刑事诉讼法的规定，进行侦查实验，必须经县以上公安局长批准，并禁止一切足以造成危险、侮辱人格或者有伤风化的行为。