1、人民检察院直接受理侦查的案件，对案件提出意见的时间规定如下：

(1)对犯罪嫌疑人没有采取取保候审、监视居住、拘留或者逮捕措施的，负责侦查的部门应当在立案后二年以内提出移送起诉、移送不起诉或者撤销案件的意见；

(2)对犯罪嫌疑人采取取保候审、监视居住、拘留或者逮捕措施的，负责侦查的部门应当在解除或者撤销强制措施后一年以内提出移送起诉、移送不起诉或者撤销案件的意见。

2、法律依据：《人民检察院刑事诉讼规则》第二百五十三条

一、立案的程序是什么

(一)对立案材料的接受

1、公安机关、检察院和人民法院对于报案、控告、举报和自首，都应当接受。对于不属于自己管辖的，应当移送主管机关处理，并且通知报案人、控告人、举报人；对于不属于自己管辖而又必须采取紧急措施的，应当先采取紧急措施，然后移送主管机关。“紧急措施”是指保护现场、依法先行拘留嫌疑人、扣押证据等。

法院对于不属于自己管辖的报案、控告、举报和自首，也应当接受。

2、报案、控告和举报可以用书面或口头形式提出。接受口头报案、控告和举报的工作人员，应当写成笔录，经宣读无误后，由报案人、控告人、举报人签名或者盖章。

3、接受控告、举报的工作人员应当向控告人、举报人说明诬告应负的法律责任。但是，只要不是捏造事实，伪造证据，即使控告、举报的事实有出入，甚至是错告，也要和诬告严格加以区别。

4、公检法机关应当保障报案人、控告人、举报人及其近亲属的安全。报案人、控告人、举报人如果不愿公开自己的姓名和报案、控告、举报的行为，应当为他保守秘密。

如果报案人、举报人等在法庭上作为证人出庭时，则不能对其姓名等保密。

(二)对立案材料的审查

人民法院、检察院或者公安机关对于报案、控告、举报和自首的材料，应当按照管辖范围，迅速进行审查。

(三)对立案材料的处理

人民法院、检察院、公安机关对立案材料审查后，认为有犯罪事实需要追究刑事责任的时候，应当立案；认为没有犯罪事实，或者犯罪事实显著轻微，不需要追究刑事责任的时候，不予立案。并且将不立案的原因通知控告人。

控告人如果不服，可以申请复议。