(一)土地所有权主体混乱

我国农村土地实行的是集体所有制度，即土地所有权由集体享有。土地承包经营权的发放、承包合同的签订、履行均由集体经济组织负责。但是在历史发展进程中，集体经济组织存在若干种形式，对于人口较少的行政村而言，可以是代表全体村民的村民委员会。但是对于人口较多的行政村来说，行政村下辖若干村民小组，各村民小组对于该小组的土地、财产独立进行管理和分配。2010年修订之前的《村民委员会组织法》第19条规定，土地承包经营方案的决定权在村民会议，即便土地是村民小组而非村集体所有，也须由全体村民而非村民小组成员来决定承包事项。2010年修订的《村民委员会组织法》第28条“属于村民小组的集体所有的土地、企业和其他财产的经营管理以及公益事项的办理，由村民小组会议依照有关法律的规定讨论决定，所作决定及实施情况应当及时向本村民小组的村民公布”的规定，明确了村民小组的主体地位。2015年颁布实施的《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第六十八条规定“村民委员会或者村民小组与他人发生民事纠纷的，村民委员会或者有独立财产的村民小组为当事人”，该规定在诉讼程序上亦赋予了村民小组当事人的地位。

而近年来，村民小组的地位在逐渐弱化，有些行政村取消了村民小组的设置。但是取消前的村民小组所实施、订立的承包合同特别是在土地二轮承包前即存在，二轮承包时村集体未签订书面承包合同的情况下，必然产生土地使用权纠纷。

(二)承包类型多样化

根据我国法律规定，土地的承包存在多种样式，不同的土地性质对应了不同的承包方式，总体可以分为两大类即以家庭户为单位的家庭承包和针对“不宜采取家庭承包方式的荒山、荒沟、荒丘、荒滩等农村土地”而采取的其他方式承包。

1、家庭承包

对于家庭承包而言，发包方为村集体经济组织或者村民委员会，此种承包方式存在人身依附性。应当说在承包之初，土地的边界、地亩数是确定的。但是因受历史条件的制约，第一轮土地承包时，甚至在第二轮土地承包时，发包方与承包方未签订书面的土地承包合同。纠纷发生时，村集体保留的地册子出现遗失的情况不可避免，加之参与土地分配时的人员可能离世，土地边界争议、权属争议的处理就显得较为棘手。应当说，家庭承包虽是村集体经济组织作为发包方的财产权利处分，但是作为农村土地分配的基本方式，家庭承包被笼罩了一层浓重的行政色彩。这一点从农村土地承包合同书中便可探知一二。在农村土地承包合同书中，需要有乡、镇一级政府作为鉴证机关盖章确认，甚至有的需要层报县级人民政府备案确认。

2、其他承包方式承包

采取其他承包方式承包的情况，如果出现土地所有权和使用权争议，涉及的问题就更为复杂。与家庭承包方式相比，其他承包方式承包更侧重营利性。该种承包方式不再以土地与身份之间的依附性为出发点，甚至可以超越本集体成员内部的界限，经民主议定程序发包给集体经济组织成员以外的个人或组织。从发包形式上看，该类承包方式没有固定的合同样式，有些纠纷甚至没有书面的承包合同书。受制于法律知识水平，承包对于合同主要条款的约定不明确，甚至土地四至边界记载都难以明确。合同在履行过程中出现争议时，无法确定涉及合同内容的主要条款，土地所有权和使用权争议的处理自然成为难题。

(三)土地流转手续不规范

通过家庭承包取得的土地承包经营权可以依法采取转包、出租、互换、转让或者其他方式流转。《农村土地承包法》第三十七条、第三十八条对于土地流转的办理手续进行了规定。但是登记手续非强制性规定，也非效力性规定，因此，流转土地双方为了简单、快捷的处理，会采用口头方式约定流转。尤其是在以前的历史情况下，即使有人要求进行备案登记，村集体组织或者行政主管部门也会进行推脱。土地作为不动产，其使用具有长期性，我国长期、稳定的农业政策也说明，土地的使用非其他动产、不动产的使用。因此，经过几代人的流传，土地的使用已非当初分地时的情况，土地所有权和使用权争议数量则会越来越多。