有两种清算方式：

1.投资人自行清算。因为个人独资企业是投资人一人投资，财产为投资人个人所有，不存在其他投资人，所以由投资人自行清算是较为简便的一种清算方式。

2.债权人申请人民法院指定清算人进行清算。由于个人独资企业的解散清算直接关系到债权人的利益，债权人出于各种考虑，可以不由投资人自行清算，而要求由法院指定清算人进行清算。

二、有限责任公司解散清算与破产清算有什么区别

1、导致清算的原因不同

公司解散清算的原因包括：营业期限届满、公司章程规定的解散事由出现、股东会决议解散、被吊销执照或责令关闭等等;破产清算的原因是因公司资不抵债，不能清偿到期债务，且资产不足以清偿全部债务或明显缺乏清偿能力。

2、清算程序不同

解散清算按《公司法》规定程序进行，具有很大任意性，可以公司自行清算，也可以在公司无法自行清算时由债权人或股东向法院提请强制清算;破产清算要严格依照《企业破产法》的程序进行，具有很强的强制性。

3、清算组成员组成不同

解散清算可以由公司股东为清算人，在需要法院强制清算时才由法院依法指定清算组成员;破产清算只能由法院依照《企业破产法》规定，从破产管理人员名单中以法定程序(摇号)和方法选任。

4、债权人的作用迥异

在公司解散清算中，债权人的地位被动，清算程序由清算组掌握;在破产清算中，债权人组成债权人会议，参与破产清算程序，决定公司清算中的有关重大事项，决定破产财产的分配处理方案等。