个人独资企业有债务，在清偿结束后可以到登记机关办理注销登记。《个人独资企业法》第三十二条规定：个人独资企业清算结束后，投资人或者人民法院指定的清算人应当编制清算报告，并于十五日内到登记机关办理注销登记。

个人独资企业不注销会有什么后果

1、法定代表人等信息会被传输到全国工商系统黑牌企业数据库，实现全国范围内监管，同步在全国金融征信系统中纳入不良记录；

2、被吊销营业执照3年内，企业的名称不能再重新使用；

3、被吊销营业执照的法定代表人在全国范围3年内都不得申请或担任其他企业的高级管理人员（担任公司的董事、监事、高级管理人员）；

4、被吊销企业的法人代表，终身进入工商系统黑名单，不得再兼任其他公司法人代表还要被列入“黑名单”不能设立新公司；

5、法人代表无法购买机票，不能办理贷款，不能移民；

6、法人代表不能领养老保险。

7、影响公司所有股东的信用。

8、涉及有欠税款，企业法人代表会被阻止出境，不能乘坐飞机和高铁，终身追缴，当然还有滞纳金。

《中华人民共和国个人独资企业法》

第三十二条个人独资企业清算结束后，投资人或者人民法院指定的清算人应当编制清算报告，并于十五日内到登记机关办理注销登记。