污水处理厂采用BOT模式经营，由政府提供土地，企业进行房产建设并经营，污水处理费收入财政按污水处理量按期拨入企业,若干年后(与政府签25年协议)，土地和地上附着物无偿还给政府，对该种土地使用权的情况，污水处理厂不需要缴纳土地使用税和缴纳房产税。

污水处理厂所使用的土地如果属于下面免税规定的，可享受城镇土地使用税优惠政策。

自2007年1月1日起施行的《中华人民共和国城镇土地使用税暂行条例》第六条

下列土地免缴土地使用税：

(一)国家机关、人民团体、军队自用的土地;

(二)由国家财政部门拨付事业经费的单位自用的土地;

(三)宗教寺庙、公园、名胜古迹自用的土地;

(四)市政街道、广场、绿化地带等公共用地;

(五)直接用于农、林、牧、渔业的生产用地;

(六)经批准开山填海整治的土地和改造的废弃土地，从使用的月份起免缴土地使用税5年至10年;

(七)由财政部另行规定免税的能源、交通、水利设施用地和其他用地。

第七条

除本条例第六条规定外，纳税人缴纳土地使用税确有困难需要定期减免的，由省、自治区、直辖市税务机关审核后，报国家税务局批准。

污水处理厂BOT项目污水处理费收入纳入财政行政事业预算由财政按污水处理量按期拨入企业,属于(二)由国家财政部门拨付事业经费的单位自用的土地;污水处理厂应享受此项优惠。

二、土地使用税，是指在城市、县城、建制镇、工矿区范围内使用土地的单位和个人，以实际占用的土地面积为计税依据，依照规定由土地所在地的税务机关征收的一种税赋。由于土地使用税只在县城以上城市征收，因此也称城镇土地使用税。

城镇土地使用税根据实际使用土地的面积，按税法规定的单位税额交纳。其计算公式如下：

应纳城镇土地使用税额=应税土地的实际占用面积×适用单位税额.