如果合同没有特别约定，经双方协商一致签订的补充协议就与主合同具有同等的法律效力，其实实际操作上，“补充协议”的效力往往高于主合同。

当补充合同的约定与主合同的约定发生矛盾时，应该以时间在后的约定条款为准执行。所以，补充合同的效力优于主合同的效力。

严格而言，合同补充协议是对原合同未尽事宜，或者合同履行过程新发生的情况而另外进行的约定。与合同的变更协议不同，但实务中订立的以“补充协议”为名的协议，其实质内容却常是合同的补充并有变更。

因此，在签订时要特别注意以下三个问题：

1、补充协议的当事人应当与原合同当事人严格一致；

2、补充协议的形式应当与原合同一样完备；

3、严格防止与原合同发生内容矛盾。

主合同与补充合同不一致怎么办

主合同和补充合同不一致的，如果其中一份的冲突条款因违法无效，以具备法定效力的另一份约定为准；如果两份合同都合法有效，以补充合同约定的冲突处理规则为准；两份合同均有效但是没有规定冲突解决规则的，以最后签署的补充合同条款为准。

《民法典》第五百一十条，合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同相关条款或者交易习惯确定。