实际上班按旷工处理是不合法的，打卡是公司的管理制度，如果有其他处罚则属于企业内部问题，只要不违法就应当尊重，但是，上了班视为旷工的制度显然超出了企业自治的范围，所以不合法。

一、最新旷工一天扣三天工资是否合法

旷工一天扣三天工资不合法。

旷工当天，用人单位可以不支付工资，除了给用人单位造成了经济损失外，不得额外扣工资的。旷工是指员工请假没有获得批准或没有履行请假手续而未到岗上班的行为。

对于劳动者的旷工行为可以通过以下方式处理：

1、行政处分，直至解除劳动合同。对于有旷工行为的职工，用人单位根据旷工的天数可以规定不同处分层级，比如警告、严重警告，直至解除劳动合同；

2、赔偿损失，如果因为劳动者旷工使用人单位遭受经济损失的，用人单位可以向其主张损失赔偿。比如值班人员不到岗导致单位被盗；

3、扣减绩效考核分数，比如单位可以将绩效考核分数与绩效工资挂钩，并规定旷工一天，扣减绩效考核分数5分。劳动者旷工导致绩效考核分数降低，绩效工资自然降低；

4、扣减奖金，在法律上，奖金支付属于企业自主权范畴，用人单位在制定奖金发放政策时，完全可以规定：旷工一天，免除当月全部奖金。

二、旷工一天扣三天工资怎么办

不合法，可以先与公司协商，处理不成可以直接到当地法院起诉公司。旷工一天扣三天工资，属于克扣工资的行为，侵犯了劳动者获得劳动报酬的权利，严重违反了公平原则。法院对“旷工一天，扣三天工资”的态度基本上是不支持。

三、参与疫情公司可以裁员减薪吗？

可以向劳动局投诉。在疫情期间只要劳动者没有做出不合法的事情，那么就不应该扣工资，而对于只要因为疫情不能上班就不能扣工资，从而还应该要如实的发放劳动者该有的工资，所以，在处理的时候就要结合实际的情况来进行办理。