分居三年不会自动解除婚姻关系。解除婚姻关系的方式只有两种，协议离婚和诉讼离婚。按照规定，夫妻因感情不和分居满二年，则构成夫妻感情确已破裂，在诉讼中，如果调解不成，应当判决准予离婚。但是非因感情不和而分居的，不能适用该项规定。如果双方都同意离婚，可直接到婚姻登记机关申请离婚登记。

分居满两年，婚姻关系不会自动解除

经常遇到有人咨询说分居两年后，婚姻关系是不是自动解除了？在有些国家有夫妻别居制度，比如法国和英国，别居方式有协议别居和法院判决别居两种方式，别居期间双方约定对子女财产等的处分方式，如阿根廷法律不允许离婚，因此夫妻只能长期分居。但是分居（别居）满2年在我国只是判断夫妻感情破裂的一种方式，只要不经过法定的离婚手续，双方的婚姻关系还继续存续，如果此时任何一方与第三方结婚的，即构成重婚罪。

《中华人民共和国民法典》第一千零七十九条夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。

人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。

有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：

（一）重婚或者与他人同居；

（二）实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员；

（三）有赌博、吸毒等恶习屡教不改；

（四）因感情不和分居满二年；

（五）其他导致夫妻感情破裂的情形。

一方被宣告失踪，另一方提起离婚诉讼的，应当准予离婚。

经人民法院判决不准离婚后，双方又分居满一年，一方再次提起离婚诉讼的，应当准予离婚。