因建筑工程合同中是否存在相关约定而异，故停工多长时间可申请赔偿需视具体情况而定。在缺乏明确规定的情况下，则依据法律法规进行处理。建筑工程合同中往往会涵盖关于停工索偿期限的详尽规定。倘若承包方与发包方在停工索赔期限上并无任何协议或存在模糊不清之处，承包方可自停工之日起向发包方提出赔偿请求。

然而，若超过三年仍未提出此类请求，那么法院将不再提供保护，也就是说，承包方如欲向发包方追讨停工所造成的损失，对方有权拒绝赔偿。

《民法典》第一百八十八条

向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。

诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。