会，但这种影响是民事权利义务上的影响而一般不涉及行政或者刑事。员工如果因为与公司存在劳动争议而向劳动仲裁委申请劳动仲裁，则仲裁委受理后，公司将成为劳动仲裁的被申请人，需要参与到仲裁当中，并且受到劳动仲裁的裁决的约束。可能会需要对劳动者进行经济上的补偿、赔偿或其他。

员工申请劳动仲裁公司如何应对？

当企业接到员工的劳动仲裁后处理具体如下：

1、力争双方自行协商解决。

协商是指劳动关系双方当事人采取自治的方法解决纠纷，根据劳动争议当事人的合意或者团体协议，双方互相协商，最后通过协商解决争议。双方通过协商方式自行和解，是当事人应首先争取解决争议的途径。

2、申请调解。调解程序是指劳动纠纷的一方当事人就已经发生的劳动纠纷向劳动争议调解委员会申请调解的程序。调解是由劳动争议双方或法律指定的第三者介入争议，以帮助双方达成协议为目的，为其提供劝说和解决的过程。

3、积极参与仲裁程序。劳动争议仲裁是指劳动争议当事人自愿把劳动争议提交法定第三者处理，由其就劳动争议的事实和责任做出对双方当事人具有约束力的判断和裁决。若经过调解双方达不成协议，当事人一方或双方可向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁。当事人也可以直接申请仲裁。目前只有因签订集体合同发生的争议，是由劳动部门会同有关方面进行协调处理，不适用仲裁程序。

《劳动争议调解仲裁法》第五十一条：生效调解书、裁决书的执行当事人对发生法律效力的调解书、裁决书，应当依照规定的期限履行。一方当事人逾期不履行的，另一方当事人可以依照民事诉讼法的有关规定向人民法院申请执行。受理申请的人民法院应当依法执行。