1、真正需要住房的中低收入家庭需求不能满足。政府开发建设经济适用房，是为了中低收入者能够买得起、住得上。但是，在经济适用房的销售中，部分高收入者却进入了购房者行列。

2、房屋面积失控。按照《经济适用住房管理办法》规定，经济适用住房要严格控制在中小套型，中套住房面积控制在80㎡左右，小套住房控制在60㎡左右。然而自经济适用房开发以来，140平方米的户型却很普遍，个别项目的复式户型面积达到260平方米。造成这一现象的原因是由于经适房的开发建设在配套政策、管理制度上还不是很完善。户型过大，豪华而不适用的大面积住房使一般工薪阶层望房兴叹。

3、房屋质量偏低。经济适用房的房源一般有两个:新建与由积压商品房转化为经济适用房。新建的经济适用房虽然政府给予房地产开发商一定的财政补贴，但由于补贴是隐性的，使得一些房地产开发商的积极性不高，影响了经济适用房建设的质量。房龄不过几年，就出现诸如墙体脱落，外表破旧等问题。同时，为了处置积压房，并加快经济适用房的建设，很多地区都实行了将积压商品房转化为经济适用房的政策，但也大都存在工程质量低的问题。

4、寻租腐败滋生。经济适用房价格虽然比一般商品房低，但是在政府优惠政策下，仍然存在很大的利润可图。资源是有限的，在利益的驱使之下房地产开发商必然会对相关官员有所表示。然而经济适用房供给有限，这时关系就显得十分重要了。政府官员掌握着分配大权，在同等条件的需求下，必然是关系优先，当行贿的成本低于两种渠道的差价，行贿就不可避免。在房地产市场还不健全，政府官员手中掌握着资源分配权利的现实下，寻租腐败是难以杜绝的。

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