分居两年不能自动离婚，我国法律没有自动离婚一说，夫妻双方需要办理相关手续才可以解除婚姻关系。

1、协议离婚的，双方签订书面离婚协议，并亲自到婚姻登记机关申请离婚登记。

2、无法达成离婚合意，可以到被告住所地法院诉讼离婚。人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。

夫妻分居两年自动离婚孩子怎么办

首先，不存在夫妻分居两年，自动离婚的情形。

其次，关于孩子的抚养权分配问题，根据《民法典》第一千零八十四条？？父母与子女间的关系，不因父母离婚而消除。离婚后，子女无论由父或者母直接抚养，仍是父母双方的子女。离婚后，父母对于子女仍有抚养、教育、保护的权利和义务。

离婚后，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。已满两周岁的子女，父母双方对抚养问题协议不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。

哺乳期内的子女由母亲抚养为原则。哺乳期后的子女由谁抚养的问题。首先应由父母双方协商确定，协商不成的，由人民法院根据双方的情况判决。

如果子女是已满10周岁的未成年人，父母双方对于子女随父或随母生活发生争执时，应考虑该子女的意见。如果一方有严重疾病或对孩子健康成长不利的，抚养权原则上由另一方获取。

《民法典》第一千零七十六条

夫妻双方自愿离婚的，应当签订书面离婚协议，并亲自到婚姻登记机关申请离婚登记。

离婚协议应当载明双方自愿离婚的意思表示和对子女抚养、财产以及债务处理等事项协商一致的意见。